変形間取りの部屋に畳を設置できるのか？

結論から言うと、「不可能」です。
Walk in homeに搭載されている「畳」ツールの機能では変形間取りの部屋に適用することは出来ません。

しかし、テクスチャを貼ったり、間取りを切り分けることである程度対応することが出来ます。
それぞれの部屋にあった対応をしてください。